4 Tahapan Dalam Pemeriksaan PCR Untuk Deteksi Virus

PCR adalah metode analisis untuk mendeteksi DNA virus yang aktif. PCR populer di era pandemi sebagai salah satu pemeriksaan diagnostik dalam mengetahui apakah ada infeksi virus corona yang aktif. 

Teknik laboratorium ini bekerja untuk mengamplifikasi atau menyalin DNA bahkan dalam segmen kecil sekali pun menjadi milyaran salinan. Dengan mesin berteknologi tinggi bernama thermocycler, proses penyalinan terselesaikan dalam hitungan jam. 

Dalam mesin thermocycler terdapat beberapa tahapan untuk menghasilkan milyaran DNA dan menemukan DNA virus yang aktif. Berikut tahapan-tahapan dalam pemeriksaan PCR.

Pengumpulan dan Persiapan Sampel untuk PCR

Sebelum melakukan pemeriksaan PCR tentu dilakukan pengumpulan sampel atau spesimen. Sampel yang digunakan tergantung pada insert kit PCR yang digunakan yang dapat berupa 

  1. Swab nasofaring
  2. Swab orofaring
  3. Sputum
  4. Aspirat saluran napas bagian bawah
  5. Bronchoalevolar lavage (BAL)
  6. Aspirat nasofaring atau aspirat nasal

Sementara itu, ada empat komponen yang diperlukan untuk proses PCR, antara lain:

  • Sampel DNA atau RNA (dari air liur, darah, rambut, kerokan kulit, dll.)
  • Primer DNA atau DNA untai tunggal pendek yang mendorong sintesis untai komplementer nukleotida
  • DNA polymerase, yaitu enzim yang membantu dalam sintesis untai komplementer DNA
  • Campuran larutan nukleotida yang mengandung adenin (A), timidin (T), sitosin (C), dan guanin (G) digunakan untuk membangun untai DNA duplikat

Tahapan dalam pemeriksaan PCR atau Proses PCR 

Proses PCR dimulai dengan segmen sampel DNA yang ditempatkan dalam tabung yang sesuai bersama dengan komponen yang tercantum di atas. Selanjutnya, tabung ditempatkan ke dalam mesin PCR atau thermocycler. 

Tahap 1 – Denaturasi

Sampel beserta komponen yang terkandung dalam tabung dipanaskan hingga setidaknya 94°C (201.2°F) menggunakan siklus termal. Panas memutuskan ikatan hidrogen dari sampel DNA asli dan memisahkan DNA menjadi untaian tunggal. ini disebut denaturasi DNA untai ganda.

Tahap 2 – Annealing

Campuran sampel kemudian didinginkan dengan suhu hingga 50-60°C. Proses ini memungkinkan primer DNA dan enzim DNA polimerase untuk mengikat untaian individu DNA yang dipisahkan oleh panas. Tahap kedua ini disebut juga annealing DNA primer. Pada titik ini, nukleotida (A, T, C, G) dari larutan campuran yang ditambahkan akan berpasangan dengan untaian DNA terpisah yang dihasilkan dari proses pemanasan.

Tahap 3 – Ekstensi

Setelah bergabung bersama, mereka membentuk untai DNA komplementer baru (ekstensi DNA). Ini berarti dari sampel DNA untai tunggal asli tersebut tercipta molekul DNA untai ganda duplikat baru. Ketiga siklus tadi diulang sekitar 35 sampai 40 kali untuk menghasilkan milyarakan DNA komplementer baru. 

Tahap 4 – Analisis dengan Elektroforesis

Setelah proses PCR selesai, segmen hasil amplifikasi (replikasi) yang dihasilkan kemudian dapat dibandingkan dengan segmen nukleotida lain dari sumber yang diketahui. Urutan nukleotida yang dihasilkan PCR kemudian ditempatkan di sebelah urutan nukleotida yang diketahui dari manusia, patogen, atau sumber lain dalam gel pemisah. 

Arus listrik kemudian mengalir melalui gel, dan berbagai urutan nukleotida di dalam gel membentuk pita yang menyerupai tangga, sesuai dengan muatan listrik dan ukuran molekulnya. Ini disebut elektroforesis gel. Pita atau langkah seperti tangga yang bermigrasi ke tingkat yang sama dalam gel menunjukkan identitas urutan nukleotida. 

qPCR

qPCR adalah variasi dari PCR konvensional dan memungkinkan untuk mengetahui jumlah DNA dengan pemeriksaan atau proses PCR. Dalam qPCR, analisis DNA yang digandakan/direplikasi secara real-time selama 40 siklus prosedur menggunakan pewarna fluoresen. 

Pewarna fluoresen menempel pada beberapa untai nukleotida yang memungkinkan pengguna untuk mengukur produk tertentu dan jumlahnya selama siklus amplifikasi/replikasi. 

Pmeriksaan PCR sendiri pada dasarnya memiliki 3 tahapan inti, yaitu denaturasi, annealing, dan ekstensi. Dari ketiga tahapan itu nantinya DNA akan tersalin dan jika ada DNA virus maka akan ditunjukkan oleh mesin. 

Pemeriksaan PCR menjadi standar emas dalam memeriksa infeksi virus aktif terutama pemeriksaan COVID-19. Jika Anda merasa gejala COVID-19 atau baru saja berkontak dengan pasien positif, segeralah mengambil pemeriksaan PCR. Ini akan membantu dalam mencegah penyebaran virus dan membantu Anda mengambil tindakan jika hasil yang ditunjukkan adalah positif. 

Dapatkan promo untuk pemeriksaan COVID-19 di aplikasi kesehatan keluarga SehatQ. Anda juga dapat menemukan lebih banyak informasi seputar pemeriksaan pcr atau berdiskusi dengan dokter seputar topik ini melalui chat di aplikasi SehatQ. Download aplikasinya di App Store atau Play Store. 

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *